Nella Chiesa Neo-Apostolica esistono tre livelli ministeriali dotati di differenti poteri e autorità spirituali: apostolo, sacerdote, diacono.
Nella veste di ecclesiastici, tutti i ministri sono tenuti all’obbligo di segretezza e svolgono la loro attività ministeriale per lo più a titolo onorifico.
Si distingui pure dal ministero l’appello rivolto a ogni credente di servire il Signore nella sequela.
L’ordinazione è l’istituzione in un ministero spirituale a cui si conferisce un potere ministeriale illimitato nel tempo. Essa viene compiuta dall'apostolo nel nome della Trinità divina tramite l'imposizione delle mani e la preghiera. Con essa si ricevono il potere, la santificazione e la benedizione. Essa avviene tenendo conto delle competenze necessarie allo svolgimento dei servizi propri del rispettivo ministero da assumere.
Le funzioni spirituali direttive e amministrative vengono conferite tramite un incarico. Esso avviene mediante l'imposizione delle mani e la preghiera di un apostolo o di un ministro sacerdotale.
L’incarico non è legato al periodo dell’attività ministeriale ma termina con essa.
La nomina è il conferimento di un servizio con accento spirituale senza funzione direttiva a un ministro oppure a un altro membro della comunità.
Un ministro sacerdotale conferisce la nomina tramite una stretta di mano. Per l'adempimento di tali servizi s'invoca la benedizione di Dio.