La cura pastorale e organizzativa delle circa 140 comunità in Svizzera è affidata all'apostolo di distretto Jürg Zbinden, a tre apostoli e a quattro vescovi. Essi sono alla guida di 15 distretti formati da circa 33'000 membri.
Il 3 giugno 2018 il sommoapostolo Jean-Luc Schneider ha incaricato l’attuale apostolo Jürg Zbinden nella funzione di apostolo di distretto per il distretto apostolico della Svizzera. È il presidente del comitato direttivo e in qualità di presidente, egli rappresenta la Chiesa sia verso l’interno sia verso l’esterno.
Jürg Zbinden è nato il 30 gennaio 1958 e vive a Männerdorf con la moglie Esther. La coppia ha due figli adulti.
Essi svolgono attività di supporto per l’apostolo di distretto nei suoi compiti pastorali e amministrativi all’interno della Chiesa Neo-Apostolica.
Gli apostoli Rolf Camenzind, Reto Keller, Matthias Pfützner e l'aiutante d'apostolo di distretto Thomas Deubel svolgono attività di supporto per l’apostolo di distretto nei suoi compiti pastorali e amministrativi all’interno della Chiesa Neo-Apostolica.
La Chiesa Neo-Apostolica Svizzera è suddivisa in distretti ecclesiastici, ognuno dei quali è servito da un conducente distrettuale e dal suo aiutante. Diversi distretti ecclesiastici formano l'area di attività di un apostolo, il quale è sostenuto da uno o più vescovi. In totale, in Svizzera ci sono quattri apostoli e tre vescovi.
Il comitato direttivo della Chiesa Neo-Apostolica si compone di apostoli, vescovi e altri ministri. Attualmente essi sono: apostolo di distretto Jürg Zbinden, aiutante d'apostolo di distretto Thomas Deubel, apostolo Reto Keller, vescovoThomas Wihler, evangelista di distretto Jean-Claude Fatio, pastore Markus Demuth ed evangelista Marcel Schildknecht.
L’assemblea dei delegati è composta dai membri del comitato direttivo e dai delegati (conducenti distrettuali o loro sostituti). Il presidente dell’assemblea dei delegati è il presidente della Chiesa o un rappresentante da lui designato.
L’assemblea dei delegati ha tra l’altro il diritto e il compito di verificare e approvare il conto annuale, scaricare il comitato direttivo e scegliere l’ufficio di revisione per la verifica del conto annuale. L’assemblea dei delegati si riunisce almeno una volta all’anno.
La base giuridica della Chiesa Neo-Apostolica è costituita dagli statuti.